Die Serie spielt in einer fiktiven, an unsere heutige Zeit angelehnte Welt, in der der geheime, königlich protestantische Hellsing-Ritterorden im Auftrag der britischen Krone in Großbritannien seit Jahrhunderten erfolgreich Vampire und andere Untote bekämpft.
Doch seit einiger Zeit existieren nicht nur die Natives, echte Vampire, sondern auch Freaks, mithilfe eines implantierten Computerchips künstlich Geschaffene. Durch deren rasante Vermehrung beunruhigt, entsendet die Organisation den Vampir Alucard, damit dieser zur Beseitigung der Freaks beiträgt. Seras, eine Überlebende eines Massakers und von Alucard notgedrungen zum Vampir gemacht, dient diesem fortan als Adjutantin.
Doch nicht nur Hellsing, auch die vom Vatikan gegründete Iskariot-Organisation jagt Vampire.
Als erbitterte Feinde der protestantischen Organisation, möchten sie diese und insbesondere Alucard vernichten. Doch Hellsing muss sich vor allem um die nationalsozialistische Gruppe Millennium kümmern, unter deren Mitgliedern sich auch Vampire befinden. Der Anführer dieser Organisation, der Major, will einen komplexen Plan durchführen, an dessen Ende Alucard vernichtet werden soll.
