[Revan]

Ah, okay, es geht Dir nur um die Geschichte (sorry, habe ich mißverstanden und dachte, Du meinst auch Regeln blabla).

Zu dem Thema, woher diese "Fabelwesen" kommen könnten :

Ich mag das Konzept von einer "unterirdischen Parallelwelt", wie wir sie z.B. in den Romanen von Christoph Marzi oder in "Niemalsland" von Neil Gaiman finden.
Dort kann man schöne und stimmige Plots entwickeln, die dann einfach Auswirkungen auf unsere reale Welt haben, in welche die Charaktere dann verstrickt werden.

So könnte es in der Parallelwelt ein Artefakt geben, welches eine wichtige Herrschaftsinsigne darstellt. Damit aber keine der beiden "großen" Parteien die Überhand gewinnt, wird dieses Artefakt von einer dritten Partei entwendet und auf unserer Welt versteckt. Wenn Deine Charaktere nun auf dieses Artefakt angesetzt werden, hast Du viele Möglichkeiten. Agenten beider großen Parteien werden versuchen, die Charaktere nach ihrer Pfeife tanzen zu lassen und die dritte Partei wird alles tun, das Unternehmen zu sabotieren. Das ist ein sehr ausbaufähiges Verwirrspiel wo lange nicht klar sein sollte, wer in welchem Interesse handelt. Wäre sowas nach Deiner Vorstellung ?

Wenn Du ohne Parallelwelten arbeiten möchtest, würde ich nochmal auf das Konzept von "Wechselbalg - Der Traum" zurückkommen (ohne, daß man sich das Regelwerk dafür besorgen muß).
Hier ist es so, das es einfach Feen unter den Menschen gibt. Manchmal entdeckt ein Mensch schon im Kindesalter, das er eine Fee ist, manchmal ist er schon erwachsen.
Das "Feesein" zeichnet sich dann im Groben so aus, daß Du zum einen Deine normale, menschliche Gestalt hast. Zum anderen hast Du eine Feengestalt (die Deine wahre Gestalt ist). Normale Menschen werden Dich immer als normalen Menschen sehen, es sei denn Du willst ausdrücklich, daß sie Dein wahres Wesen sehen können. Andere Feen können Dich immer erkennen.
Und natürlich haben die Feen ihre eigene Gesellschaft und Kultur, wo Clans oder auch ganze Feenrassen im Klinch liegen. Und aus "Fee" einfach Elf, Zwerg, Gnom oder sonstwas zu machen, stellt kein Problem dar.
Wenn Du dieses Stilmittel nehmen willst, kannst Du gut erklären, warum Elfen, Zwerge, etc unerkannt unter uns Leben.

Wenn Du "technische Fortschritt" erklären möchtest, würde ich eine "Tüftlerrasse" einführen, die sehr vernarrt in Erfindungen jeder Art ist, die gerne auch auf latent magischer Basis aufgebaut sein können.

So, das erstmal so meine spontanen Ideen/Anregungen.

Nachtrag :
Generell solltest Du erstmal für Dich festlegen, wie fantasylastig das Setting wirklich werden soll. Also Magie : Ja/nein/viel/wenig. Kreaturen : viele fremde Völker, Wesen/nur wenig Andersartige....
Wenn man das für sich festgelegt hat, kann man den Rahmen besser stricken.